보안사의 북쪽 담장 옆에 자리하고 있는 석탑으로, 1단의 기단 위에 3층의 탑신을 올린 모습이다. 석탑은 전체높이 325cm로 기단은 네모난 모양에 4개의 돌로 구성돼 있고 탑신은 탑신석과 옥개석이 각 1개의 돌로 이루어져 있으며 2, 3층 탑신이 1층에 비해 크게 줄어들고 있다. 기단 면석에는 우주를 모각하였고 탑신에는 전혀 조식이 없고 갑석 위에 1층 탑신을 놓았는데 1층 탑신의 남쪽면 중앙에 12×9cm의 방형 감실을 조식하였다.
충북지역에서 발견된 석탑 가운데에는 이처럼 탑신에 감실을 새긴 예가 드물어 특이한 양식이라 할 수 있다. 옥개석은 둔중하여 낙수면이 급하며 1층 옥개받침은 3단이며, 2·3층에서는 2단으로 다소 두껍고 투박하게 새겨져 있으며 각 층이 적절하게 체감되었다. 낙수면은 조금 넓게 내려오며 우동마루가 있고 처마는 단면이 경사지게 치석 되었으며 상단에서 양 끝으로 들리고 있다. 상륜부는 높이가 높고 위로 갑석 형태의 굽형이 조식되어 있는 노반석만 남아 있다.
석탑의 각 부분이 훼손되지 않은 비교적 완전한 모습으로, 탑신부가 균형 있어 안정감을 준다. 지붕돌 밑면의 받침이 3단으로 줄어들고 뭉툭하게 표현된 점이나, 기단이 완전하지 않고 간략하게 표현된 점 등으로 보아 고려 후기에 조성된 것으로 추정된다.
보안사 삼층석탑은 이런 독특한 미술사적, 학술적 가치를 인정받아 2000년 8월 보물로 지정되었다.