홍제사는 조선시대 승병장인 사명대사의 표충사당과 표충비각을 보호하기 위해 지어진 사당 수호사찰이다. 그 연혁은 자세하지 않으나 이곳 무안에 표충비가 세워진 1742년(영조 18)에 사명의 뜻을 기리기 위해 세워진 사찰로 알려져 있다. 무안면은 사명대사의 출생지이기도 하며 사명대사가 창건한 백하암이 있던 곳으로, 홍제사는 사명대사가 입적한 뒤 백하암에 세웠던 표충사의 후신이다. 백화암은 병자호란으로 그 내부에 있던 사당이 퇴락하자 1710년(숙종 36) 밀양부사 김창석이 사명대사의 영정을 봉안하는 영당을 짓고 사당을 정비하였다. 이후 표충비각의 창건주로 사명대사의 5대 법손인 태허당 남붕선사가 나라로부터 표충서원이라는 사액을 받으면서, 현재의 터에 표충비각을 세우고 백화암에 있던 사당을 홍제사터에 건립한 것으로 보인다. 그 뒤 사당 수호사찰로 명맥을 유지다가 1838년(헌종 4)에 표충서원이 사명대사의 8대 법손인 천유대사의 주도로 재약산 아래 영정사로 옮겨지면서, 비각을 독자적으로 보전하기 위한 자그마한 원당과 삼비문을 형성하여 현재의 가람을 형성한 것으로 보인다. 비각의 관리는 표충사 승려가 번갈아 파견되어 담당하다가 일제 때에는 대처승이 허물어진 원당과 요사를 헐고 현대식 법당과 요사를 지어 포교당으로 삼고 비각을 보존하기도 하였다.
광복 후에는 구연운 화상이 비각의 관리를 맡아 비각과 법당을 중수하였으며, 그 뒤 거의 폐허가 되어 표충비만 남게 되었다. 1977년에는 창건주 한월 동조선사가 홍제사라는 이름으로 재창건하여 국가의 지원으로 표충비각을 중수하면서 현재의 가람을 이룩하였다. 1978년에 표충비를 보호하는 보호각을 건립하고 그 주위로 담장, 삼비문과 비각을 수호하는 인법당 등을 갖추게 되었다. 이후 연경장엽 선사가 경충당을 건립하였고, 1981년에는 현재 요사로 쓰고 있는 인법당을 축대 아래로 내려 현재의 설법보전을 신축하였다. 1981년부터 수년간 홍제사 2대 중창주인 정상 스님이 현대그룹 정주영 회장의 도움으로, 주법당인 설법보전과 사적비, 범종각, 경충당, 요사 등 현재 홍제사의 가람 기틀을 이룩한 것으로 보인다. 근래에는 표충비각의 수호사찰로 밀양시가 추진하고 있는 사명대사 성역화작업의 중심역할을 하고 있으며, 국가의 중대사나 위기 때마다 표충비에서 땀이 흘러 [땀 흘리는 비]를 지키는 사찰로 전국에 알려져 있기도 하다.