혜원정사의 창건은 1925년 일제강점기 때이며, 당시 부근 마을에 살고 있던 김덕만 노인이 땔감나무를 하러 이곳 산에 왔다가 옛 절터를 발견하고 부인 김순임과 함게 이곳에 작은 사찰을 건립하게 되었다. 이들은 가산을 털어 금동부처 한분을 조성하고, 3칸 목조기와 금당을 건립하여 30여 년간 머물렀고, 그 이후 자손들이 이 사찰을 10여 년간 계승 유지하다가 뿔뿔이 흩어져 폐사되었다.
고산 스님이 1975년 사찰터 물색차 답사하던 중 묘봉산 기슭에 자리 잡고 있는 옛 절터를 발견하고, 이곳에 사찰 재건을 시작하여 오늘날의 혜원정사가 창건되었다.
혜원정사의 [정사]는 사찰을 의미하는 명칭이며, 떠돌며 수행하던 스님들이 한곳에 모여 안거하며 정진하는 곳을 말하고, 수행에 힘쓰는 사람들이 머무르는 곳이라는 뜻이 있다. 혜원은 지혜의 동산이며, 불교를 배워 깨달음을 찾는 이가 반드시 닦아야 할 3학 즉 계(戒), 정(定), 혜(慧)를 이루는 불교 수행의 동산을 의미한다.
혜원정사를 창건한 고산 스님께서 강조하시는 육화정신을 바탕으로 불교대학, 시민선방, 고산장학회 등을 운영하고 있으며, 많은 신행단체들이 부산지역 포교와 불교의 대사회적 소임을 다하고 있으며, 현재는 고산 스님의 제자이신 원허스님께서 주지를 맡아 적극적인 수행과 포교의 중심 사찰로서 나날이 발전해 나가고 있다.