일출선원은 일출암을 재단법인 선학원으로 등록하면서 선원으로 바꾼 것이다. 선학원은 한국의 전통 불교를 수호하고 일제의 사찰 정책에 대항하기 위해 설립되었다. 1922년 선우공제회를 결성하면서 자주 자립을 위해 식민지 불교정책으로 만연하게 된 계율 파괴와 전통의 상실을 우려한 승려들이 구속을 피하면서 일제 불교에 대한 저항의식으로 설립되었다.
검푸른 암벽과 붉은 토양에 우뚝 선 바위 밑에 자리한 일출선원은 본래 신라시대의 사찰터로 전해오다 1914년 경주 기림사에 주석하던 혜광 스님에 의해 인법당으로 중건한 후, 1972년 불자들에 의해 대웅전이 세워졌다. 큰 사찰은 아니지만 불사를 이끌던 사부대중(석가의 가르침을 따르는 네 부류의 사람들을 이르는 말)의 신심과 수행만큼은 깊었다 전해진다.
대웅전과 산령각, 요사 한 동이 일출선원의 건물 전부이다. 번거로움을 싫어하는 이들이 조용히 기도하고 수행하기 좋은 토굴의 느낌이 드는 곳이다.