월정사는 제주 최초의 불교 선원으로서, 제주 4·3사건 당시 제주도민과 함께 근대사의 아픔을 겪었던 사찰이자 제주시 오라2동에 있는 대한불교 조계종 제23교구 본사 관음사의 말사이다. 관음사 창건을 계기로 중흥기를 맞은 제주 불교는 1934년 음력 4월 8일 김석윤이 제주 포교소 월정암을 창건하여 내실화를 꾀했다. 전하는 말에 따르면 월정사 자리는 1871년 무렵 토굴을 마련하고 수행하던 승려가 머물렀던 곳이라고 한다. 1938년 10월 1일 월정사에 조선불교 중앙선리참구원 제1지방 분원이 마련되어 제주 최초의 선원이 탄생했음을 알리는 기록이 남아 있다. 이 제주 선원은 1940년대까지 존속했으며 참여한 승려의 수는 10명 이내로 기록되어 있다.
해방 이후 1948년 제주 4·3사건으로 사찰이 전소되고 승려들이 희생당하는 비운을 겪었다. 1960년대 승려들의 노력으로 월정사 터에 7평가량의 난민 보건 주택을 짓고 법당으로 사용하면서 사찰의 명맥을 유지하였다. 1970년대 지문스님에 의해 대웅전과 요사가 신축되면서부터 월정사를 본격적으로 재건했다. 계속된 불사에 힘입어 2001년 10월 25일 전통 사찰로 지정되었으며 현재 월정사에는 2002년 12월 제주도 문화재자료로 지정된 소조여래좌상과 목조보살입상이 보존되고 있다.