법화사는 수정사와 함께 제주의 비보사찰(裨補寺刹)로써, 대한불교조계종 제23교구 본사 관음사의 말사이다. 건립 시기에 대해서는 고려 시대, 길게는 통일신라 시대까지도 올라간다는 주장이 있다. 고려 후기 몽골의 제주 지배기에 법화사는 더욱 중시되었다.
제주대학교 박물관 주도로 1992년부터 이루어진 발굴조사에서 발굴된 기와에는 법화사가 원의지원 6년(1269년)에 처음 중창을 시작해 16년(1279년)에 중창을 마쳤다는 것을 확인할 수 있었다. 충혜왕 때 제주로 유배된 승려 혜일이 법화사를 들러 시를 지었으며 조선 초기까지 법화사에 배속된 노비가 280명이었을 정도로 큰 절이었으나 조선 후기 이후 법화사는 폐사되었다.
법화사는 천년 사찰의 역사적 가치와 더불어 사찰 경내가 아름다워 제주 도민들에게서 입소문이 나면서 타지에서 온 관광객들도 사찰 내의 구품연지에 우아한 연꽃과 더불어 배롱나무의 아름다운 자태와 더불어 부석사 무량수전 양식의 구화루가 이루어 내는 풍경은 불자가 아니라도 절집의 아름다움에 동의한다니 제주에서 이색 체험지로 추천한다. 법화사는 제주특별자치도 기념물로 지정 보호되고 있다.