경기도 파주시에 있는 서원으로 조선 후기 학자 율곡 이이의 학문과 정신을 기리기 위해 세워졌다. 서원은 훌륭한 유학자의 위패를 모시고 제사를 지내며 지방민의 교육과 교화를 위해 설립된 고려·조선시대의 사립 지방 교육기관이다. 1615년에 지방 유림이 이이의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨고 1650년에 자운(紫雲)이라고 사액되었으며, 그 뒤 김장생과 박세채를 추가 배향하여 선현배향과 지방 교육을 담당하여 왔다.
1868년에 대원군의 서원철폐령으로 훼철되었다가 1969년에 지방 유림의 기금과 국비 보조로 복원하고 후에 보수하였다.
경내의 건물로는 팔작지붕으로 된 6칸의 사우, 신문, 동서 협문 등이 있으며, 담장 밖에는 묘정비가 세워져 있다. 서원의 좌측 능선에는 이이와 양친의 묘소가 있고, 근처에 경기도 교육위원회에서 설립한 율곡 교육원이 있다.
사우에는 이이를 주벽으로 하여 좌우에 김장생과 박세채의 위패가 봉안되어 있다. 서원은 경기도 기념물로 지정되었고, 묘정비는 경기도 유형문화재로 지정되었다. 자운서당 주변은 파주의 단풍을 가장 먼저 알리는 곳으로 단풍 나들이 명소로 알려져 있다. 특히 율곡 기념관 앞 울긋불긋한 단풍나무 길이 유명하여 많은 관광객이 사진 명소로 즐겨 찾고 있다.