구 군산세관본관 건물이 완공된 것은 1908년으로, 일제강점기가 시작되기 전에 우리나라 정부가 만든 근대식 건물이다.
옛 군산세관에서는 일제강점기부터 군산항을 통해 드나들던 물품에 대해 세금을 책정하고 거두는 업무를 하였는데 이렇듯 군산항을 쌀을 비롯한 물자 수탈의 창구로 이용했던 일본제국주의의 한반도 수탈사를 목격한 곳으로서 역사적 의의가 큰 곳이라고 하겠다.
벨기에에서 수입해 온 적벽돌로 되어 있는 유럽 양식의 건물로 서울역사와 한국은행본점 건물과 같은 양식이다. 지붕은 연화조동판으로 되어 있으며 지붕 위에는 3개의 뾰족한 탑이 있다. 외부는 벽돌로 짓고, 내부는 목조로 지었다. 이름이 알려지지 않은 독일인이 건물을 설계하였으며, 1899년(광무 3년) 5월 1일 인천세관 관할로 군산세관을 설치하였고, 1906년 청사를 계획, 1908년 6월 20일에 준공하였다. 1993년까지 85년 동안 군산세관 본관으로 사용되다가 바로 옆 기존 감시소 건물을 허물고 새 청사를 지어 이전하였다.
현재는 호남관세박물관으로 이용되고 있는데, 박물관에는 세관의 기네스북, 영화속 군산세관, 역대 세관장, 군산세관 100년의 역사과 관련 자료 등이 전시되어 있으며 1일 2회의 문화관광해설을 들을 수 있다.