상동교회는 1888년(고종 25) 한국 감리교 최초의 의료선교사인 목사 스크랜턴(Scranton, W. B.)이 서울 남대문로에 세운 교회이다. 정동교회 근처 정동감리교병원에서 시작해, 의료사업을 확장하기로 하고 남대문 근처인 지금의 상동교회 자리를 구입하여 약국과 병원을 차려 의료선교와 복음선교를 겸했다. 1900년 7월 상동병원이 세브란스병원과 통합되자, 그 자리에 현대식 교회 건물을 신축해 1901년 6월 준공을 보았다.
민족운동에 참여한 여러 인재를 길러냈다. 1904년 교회 안에 청년학원과 여학생을 위한 초등학교인 공옥학교를 세우고 민족지도자를 양성했으며, 1907년 전덕기 목사가 담임하면서 독립운동의 비밀본부 역할을 했다. 1905년에 을사늑약이 체결되자 전덕기 전도사를 중심으로 김구, 이준 등의 독립투사들이 자주 드나들었고, 1907년엔 교회 지하실에서 헤이그특사사건을 모의했으며, 같은 해 이곳에서 교감 이회영, 전덕기, 이동녕 등이 모여 항일비밀결사인 신민회를 결성하고 국외 독립운동 기지 개척사업을 추진했으며 교육을 통한 독립운동을 전개했다.