옥동서원은 황희의 학문과 덕행을 추모하기 위해서 1518년에 창건된 서원으로 원래는 백화서당이었다. 이후 1580년에 백옥동에 영당을 새로이 건립하여 황희의 신주를 모시고 봄, 가을로 향사를 지내왔으며 1714년에 서원으로 승격이 되면서 현재의 위치로 옮겨 지었다. 이때 전식(156 3~1642)을 추배하였으며 1786년에는 황효헌(1491~1532)과 황뉴(1578~1626)를 추가로 배향하였다.
1715년에는 경덕사와 강당을 지었고 1789년에 조정으로부터 옥동서원이라는 사액을 받고 현재에 이르고 있다. 1868년 흥선대원군의 서원철폐령때에도 훼철되지 않고 살아남은 전국 47개 서원중 하나로 특히 황희를 모신 서원 중에 훼손되지 않고 원래의 모습을 잘 보존하고 있는 서원으로는 이곳이 유일하다. 현재 옥동서원에서는 황희의 영정 3점과 방촌선생문집, 반간집, 황씨세보, 장계이고, 만오집 등 총 5종 241책의 책판을 비롯하여 각종 고문서 300여건과 현판 11개 등의 많은 기록유산을 보유하고 있다.
1984년 12월 19일 경상북도 기념물 제52호로 지정되었다가 2015년 11월 10일 대한민국 사적 제532 호로 승격되어 재지정 되었으며 문화재청에서 시행하는 ‘지역 문화재 활용사업, 향교, 서원 문화재 활용’으로 아이들과 성인들을 대상으로 다양한 프로그램을 진행하고 있다.