조선 중기의 문신 우암 송시열(1607~1689)과 중국 송나라의 유학자로 주자학을 집대성한 주자(朱子1130~1200) 그리고, 송시열의 문인인 손재 박광일을 배향하는 서원이다. 남강사(南康祠)라고도 한다. 송시열이 기사환국으로 인해 숙종 15년(1689)에 제주도로 유배 가는 도중에 강진의 성자포(지금의 남포)에서 제주도로 가는 배를 타려다 폭풍을 만나 잠시 근처의 만덕산 백련사(白蓮寺)에 머물며 유생들에게 강론을 펼쳤는데, 이로 인하여 백련사에 영당(남강사의 전신)을 건립한 것이 오늘날의 남강서원이 건립된 배경이 되었다. 헌종 4년(1838) 향림들의 발의로 사당에 주자를 정위봉향(正位奉享) 하였으며, 1901년 현재의 위치에 신단을 설단하여 주자와 송시열을 향사하는 한편, 후에 박광일을 함께 추배하였다.
남강서원옆의 남강사에는 '주자갈필목판일괄' 목판이 소장되어 있다. 현재 보존된 목판은 원래 성자포에 표착된 원판 중 일부를 개판한 것인데 모두 43판으로 대우전 6판, 경재잠 26판, 기타 11판으로 구성되어 있다. 대우전 6판 중 4판은 구판이며, 2판은 1904년에 본떠 새긴 것으로 가로 55.5㎝, 세로 29.5㎝, 두께 5㎝, 글씨 크기 8.5∼14.5㎝이다. 경재잠 26판 중 구판은 10판이며, 16판은 1904년에 본떠 새긴 것으로 가로 20㎝, 세로 94㎝, 두께 20㎝, 글씨 크기 14.5∼20㎝이다. 기타 11판은 내용파악이 불가능한 상태로 남아있다.
남강서원은 강진향교와는 약 200m 거리에 떨어져 있어 30분 내로 두 장소를 둘러볼 수 있다.