운곡습지 탐방로를 이용하여 방문할 수 있는 운곡서원은 운곡습지 친환경 주차장에 주차를 한 후 탐방열차를 탑승하여 종점에서 내리면 된다. 운곡서원은 본래 선산김씨 사우로 중국의 주희와 김제·김주·김숙자·김종직의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 그러다 자영산과 운곡이라는 지명이 주자가 강학하던 곳과 비슷하다 하여 당산에 세운 서원을 자손이 세거 하는 운곡으로 이건 하면서 주자의 위패까지 모시게 되었다. 고종 5년(1868) 대원군의 서원 철폐령에 의해 훼철되었다가 유림들과 후손들에 의하여 1905년 복설 되었고, 1924년에 복원되었다. 1981년 아산호가 축조되는 바람에 운곡리가 수몰되어 버려 운곡서운은 수몰되지 않고 남았으나 자손들은 떠나고 서원만 남아 있다.
운곡서원에는 주자학을 이어 온 집이라는 의미로 ‘신안구가’라는 편액이 걸려 있다. 이 편액의 한자는 추사 김정희의 글씨라고 알려져 있다.