화양서원은 우암 송시열이 은거하였던 곳에 세워진 서원으로써 조선시대 학자들의 결집장소였으며 우암 송시열의 위패를 모시고 제향하기 위해 건립되었다. 창건되던 해에 사액을 받고 숙종 42년(1716) 어필로 편액을 달았다. 전국의 사액서원 중에서도 가장 이름 있고 위세가 당당한 서원이었으나 제수전의 봉납을 강요하는 화양묵패 때문에 폐해가 컸다.
묵패란 [서원에 제수전이 필요하니 아무 날 아무 시간까지 얼마를 봉납하라]는 식의 고지서에 묵인을 찍어 군 ·현으로 발송하는 것이지만, 이 묵패를 받은 자는 관 ·민을 가리지 않고 전답이라도 팔아서 바쳐야 했다. 만일 불응하면 서원으로 잡혀가서 공갈 ·협박을 받고, 사형을 당하였다.
화양서원의 이런 행패가 극심하여 흥선대원군 이전에도 여러 번 단속하였지만 실효를 거두지 못했다. 1858년(철종 9) 7월에는 영의정 김좌근의 주청으로 화양서원의 복주촌을 영구히 철폐시키라는 영이 내려졌다. 그것은 이 부락에 있던 지정음식점 같은 주호에도 불가침의 특권을 줘서, 돈이 있는 요역기피자들이 이곳에 모여서 나라는 그만큼 피해를 보고 가난한 백성들만이 그 역을 대신하게 되기 때문이었다.
또, 1862년 3월에는 이곳 유생들이 원우를 수리, 개축한다는 명목으로 협잡배들과 전라도 지방에까지 출몰하여 재물을 거두어들여서 물의를 일으켰다. 이때에도 역시 김좌근의 주청으로 금지되었다. 이 서원은 고종 때 흥선대원군에 의해 철폐되었다.
1999년 화양서원이 사적으로 지정된 후 2004년 송자사 · 승삼문 2동을 복원하였고, 묘정비는 숙종 42년(1716)에 건립되었던 것이 서원이 헐리면서 땅속에 매몰되었으나 광복 후 찾아 다시 건립하였다.
괴산군과 화양 서원보존연구회에서 송시열 유적, 화양서원, 화양구곡 일원에서 5월~11월에 총 15회 1박 2일 동안 충청도 선비체험 프로그램을 제공하고 있다. 화양서원, 화양구곡 자연체험, 야외에서 듣는 국악공연, 국립공원 밤길 걷기 등 고향의 느낌을 주고 도시와 다른 시골이라는 공간 체험을 할 수 있다. 선착순 예약으로 진행되고 있으며 누구나 신청할 수 있다.