서원은 훌륭한 유학자의 제사를 지내고 지역민을 교육하기 위하여 설립한 조선시대 지방의 사립 교육기관이다.
운곡서원은 청주시 상당구 운동동에 있으며 마을 가운데 자리하고 있다. 이곳은 서원 철폐령으로 훼철된 전라북도 남원의 어은사에서 모시던 월성군 이청과 광주의 두암 서원에 배향된 이감, 이흘, 이필경 등 경주 이 씨 인물들을 제향하기 위하여 1944년에 경주 이 씨 국당공파 문중과 청주의 유림들이 세운 사우이다. 1976년에 이종문을 추가로 배향하여 함께 제향하고 있다.
서원은 산록 하단부 경사면에 자리 잡고 있어 삼문과 사당을 축대로 쌓아 축조하였다. 사당은 정면 3칸, 측면 1칸 반의 겹처마 맞배지붕으로 풍판을 달았다. 장대석 기단 위에 평면을 내진과 외진으로 구분하였으며 내진에 3개의 분합문을 달았다. 단청은 검소한 느낌을 주는 긋기단청으로 하였다. 사당 입구에는 삼문을 세웠고, 삼문 밖에는 재실이 있다.