향교는 훌륭한 유학자의 제사를 지내고 지역민을 교육하기 위하여 설립한 고려·조선시대의 국립 지방 교육기관이다. 연기향교의 처음 위치는 연기리 서쪽이었는데 이후 인조 27년(1649) 연기현의 남쪽으로 옮겼다가, 숙종 10년(1684) 현재의 위치로 이전하였고, 여러 차례의 중수를 거쳐 오늘에 이른다. 현재 남아 있는 건물로는 대성전, 명륜당, 제기고, 전사청, 내삼문, 동협문 등이 있다. 대성전은 제사를 지내는 공간으로 공자를 비롯하여 여러 성현의 위패를 모시고 있고, 명륜당은 교생들이 학문을 배우고 토론하던 장소이다. 연기향교에는 지방관의 공적, 선정 기념비 22기와 흥선대원군이 세운 척화비도 세워져 있다.
현재 향교의 운영은 전교 1명과 장의 수명이 담당하고 있으며 봄·가을에 석전을 봉행하며, 초하루·보름에 분향하고 있다. 소장전적은 판본 22종 36 책, 사본 34종 60 책 등이 있으며 향교 유생들의 명부와 향교 교육 관련 규정인 절목, 그리고 17세기 연기의 향안과 향약 자료 등이 보존되어 있어 이 지방의 향토사 연구에 귀중한 자료가 되고 있다.