1602년(선조 35)에 정구(鄭逑)가 충주목사로 부임하자 이곳 유림의 건의로 기존의 백운서당을 운곡서원으로 개편하고 주자(朱子)의 위패를 모셨다. 그 뒤 1661년(현종 2)에 정구를 추가배향하였으며, 1676년(숙종 2)에 ‘운곡(雲谷)’이라 사액되었다. 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여오던 중 1868년(고종 5)에 대원군의 서원철폐령으로 훼철되었다가, 1894년에 복원되고 1963년에 중수되었다. 경내의 건물로는 3칸의 사우(祠宇), 신문(神門), 동서 협문(夾門), 재실(齋室), 고직사(庫直舍), 정문(旌門) 등이 있다. 사우에는 주자와 정구의 위패가 배향되어 있고, 재실은 향사 때 제관의 숙소 및 학문강론 장소로 사용되고 있다. 이 서원에서는 매년 2월 중정(中丁 : 두번째 丁日)과 8월 중정에 향사를 지내고 있으며, 제품은 8변(籩) 8두(豆)이다. 소장전적으로는 ≪주자대전≫ 10권, ≪한강연보 寒岡年譜≫ 1권, ≪유첩 儒牒≫ 2권, ≪강당절목≫ 1권, ≪원지 院誌≫ 2권, ≪운곡서원모속안 雲谷書院募屬案≫ 1권 등이 있다. 재산으로는 서원 대지 500평, 전답 9,000평, 임야 48정보가 있다.