보은동헌은 삼산리의 옛 보은경찰서 자리에 있는 조선시대 관아로 건립연대는 확실하지 않으나 순조 때 고친 것으로 전한다. 동헌은 아헌이라고도 하며, 관청의 중심이 되는 건물로 조선시대 감사나 수령이 공무를 처리하던 곳이다. 보은동헌은 조선시대 각 지방 수령이 집무하던 곳이었으나, 1907년(융희 1) 보은군에서 일어난 의병활동을 진압하기 위하여 출동한 일본 헌병대가 강점한 후 계속하여 경찰관서로 사용하여 왔다. 한때 보은경찰서로 사용되면서 내부구조가 많이 바뀌긴 했으나, 17세기 말경에 지어진 것으로 추정한다.
건물은 정면 7칸, 옆면 3칸 겹처마 팔작지붕의 익공계 건물로 목조기와집이다. 내부는 평면이 특징 있게 꾸며져 있다. 전면 1칸은 모두 마루이고 오른쪽 4칸은 대청이며, 왼쪽 3칸은 온돌방을 두었다. 대청 중 동쪽 1칸과 후면을 높게 해서 누마루를 만들었는데, 조선 후기 동헌의 한 특징으로 태인동헌과 함께 다양한 공간구성과 창호의 장식이 돋보인다. 1983년 원형으로 복원하여 오늘에 이르고 있다. 동헌 앞에는 관내 각지에 흩어져 있던 역대 현감 또는 군수들의 송덕비 또는 선정비 6개를 1988년 옮겨 세워져 있다.