1781년(정조 5) 지방유림의 공의로 조선 태종조 문예관 대제학 등을 역임한 오천 이문화의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 동화천의 서쪽에 있다 하여 서계서원이라 불렀으며, 서원 편액은 조선말의 명필인 윤용구가 쓴것이다.
1801년(순조 1)에는 임진왜란 당시 의병을 일으켜 싸운 이주를 추가 배향하여 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여 왔다.
대원군의 서원철폐령으로 1868년(고종 5)에 훼철되었다가 그 뒤 점차 복원하여 오늘에 이르고 있으며 경내의 건물로는 3칸의 사우, 신문, 동·서 협문 3칸의 강학당, 1칸의 서고, 각 3칸의 동재와 서재, 주사, 대문 등이 있다.
강학당은 화수정이라 칭하는데 1924년에 중건된 건물이다. 동재는 금수랑이라 칭하며 서원 내의 여러 행사와 유림의 회합, 학문의 토론장소 등으로 사용되며, 문헌과 가보를 보관하고 있다.서재는 희리당이라 칭하여 유생이 강학하는 곳으로 사용하였으며, 창포리에 있는 환성정을 서재로 옮겨 왔다. 서고는 부용장이라 하여 유생의 휴식소 겸 숙소로 사용하고 있으며, 주사는 향사 때 제수를 마련하여 두는 곳이다. 뒷편에는 두분의 위패를 모시고 있는 사당인 숭덕사가 있다
매년 가을에 향사 지내고 있으며 소장전적으로는 오천실기 외 200여 권이 있다. 서계서원 안 밖으로 배롱나무꽃이 만발하여 여름날 서원의 경치를 더욱 돋보이게 하고 옛 선비의 기개를 느끼게 한다.