본래 남원성은 신라가 삼국을 통일하고 얼마 지나지 않은 691년(신문왕 11) 쌓은 성이다. 현재의 것은 1597년 선조가 왜구의 침입을 막기 위해 수리하여 크게 쌓은 것이다.
이 성은 군사뿐만 아니라 행정 기능도 담당하는 성으로 일반적인 성의 양식과 달리 성곽이 장방형을 띠고 있다. 성곽의 둘레는 2.4km에 달하고, 성벽의 평균 높이가 4m이다. 사방에 성문이 있었고 그중 남문이 가장 컸다. 성내에는 70여 개의 우물이 있었다.
성벽 위에는 왜적의 침입에 대비하기 위해서 여장을 새로 높이 쌓았다. 성문 앞에 적을 방어하기 위해서 쌓은 옹성 16곳과 성벽에서 바깥쪽으로 돌출시켜 쌓은 치첩 1,016개를 두었으며, 둘레에는 깊은 도랑을 팠다고 전한다. 남원성의 독특한 구조는 우리나라 성곽 가운데 매우 드문 사례로 주목되고 있다. 성벽은 조선 말기까지 존속하였지만 최근에 도시가 확장되면서 대부분 헐려 흔적을 거의 찾을 수 없다.