약령시(藥令市)는 원래 조선 효종 때 귀한 한약재의 수집을 위해 주요 약재 생산지에 관찰사를 상주시키고 왕명으로 만든 약재상 집결지이다. 그 당시에는 약재의 채취, 수확 시기에 맞추어 춘령시와 추령시로 1년에 두 번 열리는 계절장이었다. 현재는 서울약령시 이외에도 대구, 제천 등 전국에 여러 약령시가 있지만 서울약령시가 규모나 역사로 볼 때 가장 큰 시장이다. 현대적인 서울약령시의 역사는 1960년대 중반으로 거슬러 올라간다. 서울 동부 도심권의 교통 요충지인 청량리역과 마장동 시외버스터미널을 중심으로 한약 상인들이 하나둘 모여들면서 구성되었다. 한국전쟁 이후 경기도와 강원도 일대의 농민들이 생산하거나 채취해온 농산물과 채소 및 임산물들이 옛 성동역(城東驛, 현 한솔동의보감)과 청량리역을 통해 몰려들어 그 반입과 판매를 위해 인근 논을 매립한 공터에서 장사를 벌이기 시작하면서부터 자연히 시장이 형성된 것이 서울약령시의 시초이다.
1960년 6월 공설시장 개설 허가를 받은 후, 서울 시내에서 모든 농산물을 골고루 갖춘 가장 싸게 파는 시장으로 자리를 잡았으며, 특히 한약재의 주산지인 강원도 등과 철도 및 도로로 편리하게 연결되면서 급속히 발전하여 1960년대 후반에는 한약재 등의 특종 물품을 취급하는 전문시장으로 변모하게 되었다. 지금과 같은 규모와 상품 구색을 갖추게 된 것은 1970년대이다. 종로 4가와 종로 5가에 모여 있던 전통적인 토박이 약재상들이 이곳으로 이사 오면서 서울약령시가 약재 집산지 역할을 담당하게 되었다. 1970년대부터는 전국적으로 명성이 알려지면서 시장은 급격히 확대되었고, 1980년 8월에는 시장 근대화 사업을 촉진시켜 근대 시장으로서의 면모를 갖추게 되었다. 1983년부터는 인삼과 꿀까지 취급하면서 서울에서 소비되는 인삼과 꿀의 약 4분의 3, 전국 한약재의 약 3분의 2가 서울약령시를 통해 유통되고 있다. 이러한 변천 과정을 거쳐 서울약령시는 전국에서 가장 큰 한약재 시장으로 자리를 잡았을 뿐만 아니라 세계적인 약재시장으로 커나가고 있다. 그래서 중국과 대만, 홍콩, 일본, 뉴질랜드 같은 나라들과 활발한 수출입 활동을 벌이고 있다. 서울약령시장이 ‘서울약령시’라는 정식 명칭을 부여받은 것은 1995년 6월이었다. ‘서울약령시(전통한약시장지역)’로 지정된 이후 한약과 관련된 다양하고 새로운 시설과 제도들을 마련하고 운영하고 있다.