별방성은 1973년 4월 13일에 제주도 기념물로 지정되어 보호되고 있다. 별방성에 대해 [신증동국여지승람] 제주목 관방조에는 “별방성은 돌로 쌓았는데 둘레가 2,390자이고 높이는 7자이다. 중종 5년(1510)에 장림 목사가 이 땅이 우도(牛島)로 왜선이 가까이 댈 수 있는 곳이라 하여 성을 쌓고 김녕방호소를 이곳으로 옮기어 별방(別防)이라 이름하였다.”라고 하였고, 김상헌의 [남사록]에는 “별방성은 동·서·남에 세문이 있고 성 안에는 우물이 있으나 맛이 짜다. 지명은 옛날에 하도의탄리라 하였다.”라고 하였으며 [탐라지]에는 “북성에 대변청이 있고 중앙에는 객사(客舍), 별창(別倉), 군기고(軍器庫)가 있다."라고 하였다. 박천형의 서계(書啓) 내용에는 “동쪽과 북쪽이 바다에 임하였고 성 안은 화북이나 조천에 비해 조금 넓으며 동·서·남에 세문과 성안에 두 우물이 있으나 포구의 공간이 몹시 좁고 뾰족 나온 돌모서리가 창 같이 날카로워 배를 정박할 수가 없다. 횃불을 비치해 경보하는 것이 좋을 듯하며 성을 설치하여 방어하는 데에는 적합한 곳이 아닌 듯하다.”라고 하였다. 헌종 14년(1848)에 장인식 목사가 이를 중수하였다.