금둔사는 순천시 낙안면 금전산 기슭에 자리한 사찰로 송광사와 낙안읍성 민속마을로 연결되는 관광벨트 중심에 위치하여 경관이 수려할 뿐만 아니라 규모도 상당히 크다. 금둔사의 창건 연대와 창건자는 알 수 없지만 금둔사지에서 출토된 유물들을 통해 9세기 전반에 사찰이 조성되었을 것으로 추정된다. 금둔사의 옛 이름인 동림사의 명칭은 징효대사(826~900)의 비문에서 '당주의 군사 김사유등이 찾아와서 선지를 듣고 법문에 깊이 감명을 받아 분령에 계시도록 청하고, 군의 동림을 선거에 길이 예속시켜 열반할 종신처로 삼게 하였다'라고 하였다. 여기서 분령은 낙안의 옛 지명이므로 동림사가 금둔사의 옛 명칭임을 알 수 있다. 이를 통해 금둔사는 9세기 후반 징효대사 절중이 주석하였던 선종 사찰로 창건되었을 것으로 추정된다.
보물로 지정된 경내의 삼층석탑과 석조불비상을 비롯하여 1999~2002년까지 국립 순천대학교 발굴팀에 의하여 8-9세기의 아름답고 정교한 무늬의 암ㆍ수막새 등 다량의 유물이 발굴된 것만 보아도 그 당시 금둔사의 위세가 어떠했는지를 짐작할 수 있다. 그 후 금둔사는 조선시대 정유재란으로 낙안성이 함락되면서 전소되었다가 17세기 후반에 와서 완전 폐사가 되었다.
현재의 건물은 1983년 선암사 칠전선원에 주석하던 수행승 지웅선사가 중창 불사를 일으켜 현재 법당, 요사채, 선원 등 10여동의 전각을 세웠다.
금둔사는 납월매로 유명한 사찰로 납월매는 음력 섣달(납월)에 피기 때문에 붙여진 이름인데 이곳의 매화는 다른 매화들보다 2달 정도 빨리 핀다.