자연생태박물관은 생태계의 표본과 실물을 전시하여 생태계를 한눈에 볼 수 있고, 영상으로도 관람할 수 있다. 자연학습체험장에는 우리나라에서 멸종되어가고 있는 토종 야생화가 약 200 여 종이 전시·분포되어져 있어 어린이 및 청소년들에게 산 교육장이 되고 있으며 아울러 온 가족이 여가시간에 즐길 수 있는 체험장으로 꾸며져 있어 우리나라의 야생화를 관찰할 수 있으며, 또한 전문가이드에 항상 상주하여 도움을 주고 있다.
교육 및 연구, 관람을 위하여 오는 사람을 위하여 단지를 계획,조성하였다. 자연생태박물관은 산업화, 도시화로 자연과 점점 멀어지고 있는 현대인들에게 도심 속에서 자연을 느낄 수 있는 작은 공간을 마련해 하고자 노력하고 있다. 그 동안 책이나 도감에서만 볼 수 있었던 많은 식물들과 자연을 직접 볼 수 있는 기회를 제공하는 양평 자연생태박물관에서 무한한 자연의 신비를 느낄 수 있다.
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허브정원에는 약 50여 종의 허브가 있으며 수생습지에서는 습지의 생태를 체험할 수 있다. 그 밖에도 수목원 한가운데 위치한 떠드렁섬, 강변의 정취를 느낄 수 있는 강변산책로, 열대식물의 이국적인 정취를 느낄 수 있는 열대식물원, 자녀에게 각종 식물을 연구할 수 있게 해 주는 연구소 등을 갖추고 있다. 특히 야생화 화분, 허브비누, 압화자 열쇠고리, 토피어리 등 만들기, 천연염색하기, 물놀이체험 등 각종 체험학습을 할 수도 있다.