거제 가배량진성은 성종 21년(1490)에 쌓은 성으로서 조선시대 전기 서부 경남 해안을 방어하였던 경상우수영의 본영으로 사용하였으며, 거제 수군 7진 중의 하나이다.
이 지역은 한산도를 중앙에 두고 통영과 거제로 갈라지는 두 갈래 바닷길 중 거제로 향하는 길목에 위치하여 전략적으로 매우 중요한 곳으로, 세종 7년(1425)부터 선조 24년(1601)까지 경상우수영 및 삼도수군통제영으로 이용되어 역사적인 의미가 큰 곳이다.
선조 16년(1593) 임진왜란 당시 이순신 장군이 삼도수군통제사가 된 후 한산도에 삼도수군통제영 본영을 구축하고 이곳에는 기존보다 큰 규모로 연장 개축했다는 기록이 있다.
임진왜란 이후 이곳 거제의 경상우수영성으로 삼도수군통제영을 옮겼다가, 선조 24년(1601) 다시 거제에서 고성으로 옮겼으며, 3년 뒤 현재의 통영으로 옮겨졌다.
이때 고성에 있던 [가배량진]이 이곳으로 옮겨 오면서부터 [가배량진성]이라 불렀으며, 고종 31년(1894) 갑오개혁의 과정에서 진이 없어질 때까지 해안 방어의 요충지로 역할을 하였다.
성의 바깥은 돌로 쌓고 안쪽은 흙으로 둑을 쌓아 만들었는데, 기록에 따르면 성의 둘레는 794m, 높이는 4m이며, 현재 남아있는 성의 둘레는 146m이다. 성을 둘러싼 물길인 해자의 흔적과 남쪽에는 조망할 수 있는 망대 터가 확인되었다.