충청감영이 있던 공주에서는 천주교 박해 때마다 각처에서 체포된 천주교도들이 와서 문초와 형벌을 받았다. 그중에서 끝까지 천주 신앙을 버리지 않은 순교자들 가운데 일부가 공주의 처형지에서 순교했는데, 그 순교지가 바로 황새바위이다. 황새바위 천주교도 순교지 천주교 박해가 극심했던 18세기 100여 년 동안(1797~1879) 수많은 천주교 신자들이 공개 처형된 사형터이다. 즉, 유교를 통치이념으로 했던 조선조 시대에 충청도의 감영이 있던 공주로 압송된 천주교 신도 수백 명의(기록된 이름 248명) 순교를 당한 곳이다. 죄인들의 공개 처형지였던 이곳 황새바위는 황새도 서식했던 곳이기에 황새바위라고도 하고, 이곳에 있던 바위가 죄수들의 목에 씌우는 칼인 황새 모양으로 생겼고, 목에 큰 칼을 쓴 죄인들이 이 언덕 바위 앞으로 끌려 나와 죽어 갔으므로 황새바위라고도 한다.

* 황새바위 순교지의 역사 *
황새바위 천주교도 순교지 성지 조성 사업이 시작된 것은 1980년 12월 공주중동본당에서 대전교구의 후원으로 현재의 부지 6.6116m² 을 매입하면서였다. 이어 1982년에는 성지 관할권이 공주교동본당으로 이관되었고, 1984년 3월에는 황새바위성역화사업추진위원회가 결성되었다. 그 결과 다음 해 11월 7일에는 황새바위 순교탑과 경당이 완공되었으며, 이어 12 사도 석조 기둥 건립, 성모자상 안치, 십자가의 길 조성 사업, 피정의 집 겸 성당 건립 등이 이루어졌다. 또, 2003년에는 옛 공주 향옥 자리와 인접해 있는 공주 교동성당 내에 순교 현양비가 건립되기도 하였다. 황새바위 천주교도 순교지는 2008년 1월에 교동본당에서 분리되어 독립 성지가 되었다.