미천서원은 영산포에서 다시면으로 가는 길목인 전라남도 나주시 안창동의 철로변에 자리 잡고 있다. 서원의 강당 뒤편에는 미천 서원의 유래가 된 ‘미천'이라는 샘이 있다. 허목 선생이 어렸을 때 마을 사람들이 우물이 없어서 팔 생각을 못하자 이에 '내가 일러준 곳을 파보면 물이 나올 것이다'고 이야기하였다. 과연 그 곳에서는 물이 솟아나와 더 이상 고생을 하지 않게 되었다. 그래서 샘의 이름을 미천(眉泉)이라 부르고 이에 서원 이름의 연원이 된것이라고 한다.
이 서원은 17세기 조선시대 명현인 문정공 미수 허목의 도학 정신을 기리기 위하여 숙종 16년(1690)에 나주 금강 미천상에 사우로 건립되었다가 1693년 미천서원이라고 사액되었다.
이후 정조 23년(1799)에는 13대 미천서원 원장을 지낸 번암 채제공을 추가로 배향하였다. 채제공은 허목보다 훨씬 후대 인물이지만 허목의 학문을 따르고 미천서원에 많은 공을 세웠기 때문에 추배하게 된 것이다.
1711년 홍명한이 중수하고 1715년에는 강당과 재실을 중수하였다. 그 후 철폐되었다가 영조 47년(1771) 이전에 사우가 중건된 후 고종 5년(1868) 서원 철폐령으로 2차 철폐을 당하였다. 서원이 철폐되자 영당과 장판각은 허목의 후손들이 많이 살고 있는 나주시 삼영동 선산 아래의 영당마을로 옮겨졌다.
1893년에 다시 미천서원의 옛 터인 지금의 자리에 정면 3칸, 측면 2칸의 영당이 복설되어 현재의 자리로 영정을 이안하였으며 정면 6칸, 측면 3칸의 강당도 함께 중건되었다. 1930년 조기중이 강당 일부를 중수하였고 1937년 허영규가 대대적으로 중수하였다.
이곳에서 차량 이동 4분, 약 2.8km거리에 국립나주문화재연구소와 나주철도공원이 있다.