1919년의 3·1 운동은 개신교가 한국민족주의 운동에서 차지하는 위상이 분명하게 드러나는 계기가 됐다. 개신교는 천도교-불교와 함께 3·1 운동에서 지도적 역할을 담당했으며, 전국 각지에서 발생한 크고 작은 독립만세시위 중 상당 부분이 개신교신자들에 의해 주도됐다. 그만큼 일제의 무자비한 탄압에 의한 피해도 많았는데 이를 대표적으로 보여주는 곳이 경기도 화성시의 제암리교회이다. 일본 경찰은 1919년 4월 15일 오후 제암리교회에 신자들을 모이게 한 후 문을 폐쇄하고 교회에 불을 지르면서 무차별 총격을 가했으며, 이 때문에 23명이 목숨을 잃었다. 이는 4월 5일에 일어난 만세운동에 주도적 역할을 했던 제암리교회에 대한 무자비한 보복이었다. 1905년 8월 제암리 이장이었던 안종후의 주도로 설립된 제암리교회는 동족부락이라는 특성 때문에 유난히 강한 단결력을 지녔는데 3·1 운동 때도 이 같은 성격은 그대로 나타났다.

일본 경찰은 이어 제암리의 가옥 30여 채를 불태우고 5백 m 떨어져 있는 고주리에서 천도교 신자 6명을 살해하고 시체를 불태워버렸다. 이 같은 만행으로 이날 제암리일대에서는 사람과 가옥, 가축, 의류, 곡식 등이 타는 냄새와 연기가 10여㎞ 밖까지 퍼져 나갔다고 전한다. 제암리교회 학살 사건이 일어난 후 신자나 일반인들은 일본의 감시 때문에 사건 현장에 접근할 엄두를 내지 못했다. 결국 사건을 전해 들은 캐나다 의료선교사 스코필드 박사가 며칠 후 불탄 교회에서 희생자들의 유골을 수습하여 인근 공동묘지입구에 묻을 때까지 방치됐다. 제암리교회는 1919년 7월 자리를 옮겨 다시 건립됐고, 1938년 현재의 위치에 기와집 예배당이 만들어졌지만 학살사건의 진상규명은 광복 후까지 기다려야 했다. 1959년 4월 사건 현장에는 이승만 대통령의 친필로 된 [3·1 운동 순국기념탑]이 세워졌고, 1970년 9월에는 일본의 기독교인과 사회단체들이 속죄의 뜻을 담아 보내온 1천만 엔의 성금으로 새 교회와 유족회관이 건립됐다. 또 1982년 9월 정부에 의해 대대적인 유해 발굴작업이 실시돼 교회 옆에 마련된 묘소에 안장됐으며, 다음해 7월 기념관과 새 기념탑이 세워졌다.