신라 제 51대 진성여왕 3년(889년) 도선국사가 현 연세대 터에 창건하고, 반야사라 하였다.제21대 영조 24년(1748년) 찬즙, 중암 두 스님에 의해 지금의 터전으로 이전하였고,영조는 친필로 봉원사라 현액하였으며, 신도들 사이에는 이 때부터 새로 지은 절이라 하여 "새절"이라 부르게 되었다. 제26대 고종 21년(1884년) 발생한 갑신정변의 주축을 이룬 김옥균, 박영효, 서광범 등 개화파 인사의 정신적 지도자였던 이동인 스님이 5년간 주석하였던 갑신정변의 요람지이기도 했다. 1911년 주지 보담스님의 중수와 사지의 확보로 가람의 면모를 새롭게 하였다. 1945년 주지 기월스님, 화주 운파스님과 대종의 원력으로 광복기념관을 건립하였다. 1950년 9월 28일 서울 수복 당시 병화로 광복기념관이 소진되었고, 이때 영조의 친필 현판 등 사보와 이동인스님 및 개화파인사들의 유물이 함께 소실되었다.

1966년 주지 영월스님, 화주 운파스님과 대중의 원력으로 소실된 염불당을 중건하였는데 이 건물은 대원군의 별처였던 공덕동 아소정을 옮긴 것이다.현재 봉원사는 한국불교의 전통 종단인 태고종의 총본산으로서 전법수행의 맥을 이어가고 있는 바 대중은 60여 스님, 신도는 10만을 헤아리며 박송암 스님(2000년 2월 입적), 이만봉스님이 주석하며 후학을 지도하고 있다. 교육기관으로는 옥천범음대학이 있고, 신행단체로는 관음회, 화엄법회, 청년회, 학생회, 어린이 인경회 등 법회가 개최되고 있으며 대외적으로도 교도소, 소년원, 양로원, 고아원,군부대 등을 정기적으로 방문하여 교화활동을 펼치고 있어 태고종 총 본산으로서 그 소임을 다하고 있다.

* 영산재(靈山齋)

봉원사에서는 대한민국 국가무형문화재인 영산재 보존회 주최로 세계평화 및 남북통일을 기원하기 위하여 영산재를 봉행하고 있다.영산재란, 석가모니 부처님께서 영취산에서 법화경을 설하시는 도량을 시공을 초월하여 본 도량으로 오롯이 옮기고 영산회상의 제불보살님께 공양을 올리는 의식이다. 그리하여 살아있는 사람과 죽은 사람이 다 함께 진리를 깨달아 이고득락의 경지에 이르게 하는 의의가 있다. 그러므로 영산재는 공연이 아닌 장엄한 불교의식임을 인식해야 한다. 즉, 삶과 죽음으로 갈라진 우리 모두가 불법 가운데 하나가 되어 다시 만날 것을 기원하며, 부처님 전(前)에 행하는 최대 최고의 장엄한 불교 의식이다.