만복사지는 기린산 아래에 지은 사찰로 일설에는 신라말 도선국사가 지었다는 설이 있으나, 기록에 의하면 고려 문종 때 세운 것으로 되어 있다. 이 사찰에는 대웅전, 천불전, 영상전, 종각, 명부전, 나한전, 약사전이 있었으며 5층석탑, 석불입상, 당간지주, 석인상등이 있어 규모가 매우 큰 사찰이었다고 하며 만복사지 부근에는 백뜰, 썩은 밥배미, 중상골 등의 지명이 있어 당시의 사찰 규모를 추정할 수 있다. 백뜰은 만복사지 앞 제방을 말하는데, 승려들이 빨래를 널어 이곳이 온통 하얗다 해서 붙여진 지명이고 썩은 밥배미는 절에서 나온 음식물 찌꺼기를 처리하는 장소로 승려의 수가 많았다는 것을 알 수 있다. 또 남원의 8경 중 만복사 귀승이 있는데 시주를 마치고 저녁 나절에 만복사로 돌아오는 승려들의 행렬이 실로 장관을 이루었다는 것에서 아름다운 경치로 꼽았다고 한다.
1979년부터1985년까지 7차례 걸친 발굴조사결과 만복사지는 창건 후 몇차례에 걸쳐 중창되어 목탑지를 중심으로 동쪽,서,북쪽에 각각 금당지가 있는 1탑 3금당식의 가람 배치양식의 사찰로 북금당지 북쪽에 강당지가, 목탑지 남쪽에 중문지가 있었던 것으로 밝혀져 고려시대 사찰 가운데 유일하게 절의 구조와 형식을 알아볼 수 있는 유구가 남아있어 고려시대의 가람 연구에 귀중한 사료가 되고 있다. 만복사지는 정유재란 남원성 싸움시 소실된 후 1679년 (숙종 4년) 남원부사 정동설이 복원을 꾀하였으나 뜻을 이루지 못하고 오늘에 이르고 있는데 "금오신화"의 저자 김시습은 만복사를 배경으로 "만복사저포기"라는 한문소설을 남겨 한문소설의 효시를 이루었으며 당시 만복사의 실상을 알게 했다.