조선말기(병오년) 홍성 지역에서 있었던 의병 운동에서 일본군과 싸우다 희생된 분들의 유해를 모신 곳이다. 1905년 일본의 강압에 의해 을사조약이 체결되자 홍주 지역에서는 1906년(병오년)에 전 이조참판 민종식이 채광묵, 박인기, 이만식, 농민, 유생 구 관리를 중심으로 홍주성에 쳐들어갔는데 당시 홍성 군수 이교석과 이주승도 처음에는 의병 군에 호응할 기미였다가 일본군 다수가 입성한다는 소식을 듣고 성문을 닫고 입성을 막아 부득이 물러난 후 3월 22일에 재차 홍주성에 쳐들어갔으며 5월 19일에 홍주성을 함락시켰다.

그 후 일본군이 5월 25일부터 홍주성의 의병 군을 공격하여 30일부터 본격전이 시작되었으며 그때에 일본군 대포에 의해 조양문이 부서졌고 중과부적으로 의병 수백 명이 전사하여 시체가 대교리 일대의 냇가와 남산 일대에 흩어져 있었다. 1949년 4월 5일 홍성 군수 박주철과 홍성 경찰서장 박헌교가 직원들을 인솔하고 현재 의사총이 있는 부근에서 식수하다가 의외로 많은 유골을 발견하였다. 병오 항일의병 시 전사한 의병 군의 유골이 임시 매장된 것으로 판명되어 충청남도에 그 사실을 보고하고 도비를 지원받아 유골을 모아 이곳에 합장하여 분묘를 조성하였다. 1992년 구백의총(九百義塚)이란 이름이 ‘홍주 의사총’으로 바뀌었으며 매년 5월 30일에 순국 의사에 대한 추모제를 지내고 있다.